Perkumpulan EKOMARIN memiliki misi-misi sebagai berikut :

Mendekatkan akses terhadap keadilan bagi masyarakat yang terkait sumber daya pesisir dan pulau-pulau kecil.

Melakukan pemberdayaan terhadap masyarakat yang terkait dengan sumber daya pesisir, kepulauan dan kelautan

Mendorong tata kelola pengelolaan sumber daya kelautan, kepulauan dan perikanan berbasis mitigasi dan adaptasi perubahan iklim serta pengurangan resiko bencana yang adil dan lestari untuk mencapai kesejahteraan rakyat.

Melakukan penelitian dan pengelolaan pengetahuan terkait kondisi sumber daya alam kepulauan, kelautan, pesisir, dan perikanan termasuk iklim

Advokasi kebijakan untuk pengelolaan sumber daya alam – kelautan dan kepulauan yang adil dan bijaksana